- Santiago de Querétaro ( 626,495 )
- San Juan del Río ( 118,173 )
- El Pueblito ( 71,254 )
- Tequisquiapan ( 29,799 )
- Santa Rosa Jauregui ( 17,091 )
- Venceremos ( 15,538 )
- Ezequiel Montes ( 12,443 )
- Cadereyta de Montes ( 11,524 )
- La Cañada, Querétaro ( 10,089 )
- Jalpan ( 9,291 )
- Pedro Escobedo ( 8,920 )
- Amealco ( 7,827 )
- Colón ( 7,088 )
- La Pradera ( 6,619 )
- El Saúz ( 6,569 )
- San José el Alto ( 5,957 )
- La Llave ( 5,644 )
- La Estancia ( 5,579 )
- Tlacote el Bajo ( 5,419 )
- La Lira ( 5,328 )
- Ajuchitlán ( 4,876 )
- Amazcala ( 4,780 )
- San Nicolás ( 4,632 )
- Paso de Mata ( 4,632 )
- El Colorado ( 4,572 )
- El Salitre ( 4,408 )
- General Lázaro Cárdenas (El Colorado) ( 4,315 )
- Colonia los Ángeles ( 4,309 )
- La Fuente ( 4,272 )
- Montenegro ( 3,844 )
- San Pablo Tolimán ( 3,667 )
- Huimilpan ( 3,434 )
- El Cazadero ( 3,401 )
- Colinas de Santa Cruz Segunda Sección ( 3,326 )
- El Vegil ( 2,521 )
