- Santiago Juxtlahuaca ( 8,309 )
- Jalapa ( 8,289 )
- Ejutla de Crespo ( 8,117 )
- Isla Soyaltepec ( 8,116 )
- El Espinal ( 7,823 )
- Asunción Ixtaltepec ( 7,556 )
- San Pablo Villa de Mitla ( 7,547 )
- San Lorenzo Cacaotepec ( 7,351 )
- Villa de Etla ( 7,327 )
- San Pedro Tapanatepec ( 7,208 )
- Santa María del Tule ( 7,195 )
- Santo Domingo Zanatepec ( 7,025 )
- San Juan Bautista Valle Nacional ( 6,701 )
- Tlalixtac de Cabrera ( 6,581 )
- Teotitlán de Flores Magón ( 6,570 )
- Santiago Suchilquitongo ( 6,314 )
- San Lucas Ojitlán ( 6,043 )
- Acatlán de Pérez Figueroa ( 5,933 )
- San Felipe Jalapa de Díaz ( 5,931 )
- Santa María Xadani ( 5,895 )
- San Lorenzo Cacaotepec ( 5,774 )
- San Miguel Panixtlahuaca ( 5,682 )
- San Francisco Ixhuatan ( 5,654 )
- Pinotepa de Don Luis ( 5,527 )
- Huatulco ( 5,472 )
- San Mateo del Mar ( 5,441 )
- Santa Catarina Juquila ( 5,318 )
- Ayoquezco de Aldama ( 5,302 )
- San Dionisio Ocotepec ( 5,251 )
- San Felipe Usila ( 5,063 )
- Tamazulapam Villa del Progreso ( 5,028 )
- San Agustin de las Juntas ( 4,921 )
- Santos Reyes Nopala ( 4,830 )
- San Pablo Huitzo ( 4,743 )
- Santa María Petapa ( 4,560 )
- Santa María Huazolotitlan ( 4,506 )