- Baracoa ( 9,202 )
- San Marcos de Colón ( 8,821 )
- Nueva Ocotepeque ( 8,780 )
- Pimienta Vieja ( 8,761 )
- Gracias ( 7,909 )
- Agua Blanca Sur ( 7,592 )
- Coxen Hole ( 7,514 )
- Las Vegas, Santa Barbara ( 7,487 )
- El Triunfo ( 7,182 )
- Jesús de Otoro ( 6,988 )
- La Alianza ( 6,923 )
- Monjarás ( 6,772 )
- Campamento ( 6,560 )
- San Manuel ( 6,389 )
- Copán ( 6,336 )
- Mezapa ( 6,324 )
- Las Trojes ( 6,253 )
- Azacualpa ( 5,949 )
- Villa de San Francisco ( 5,914 )
- San Juan Pueblo ( 5,735 )
- San Luis ( 5,733 )
- San Francisco de la Paz ( 5,411 )
- Villa de San Antonio ( 5,390 )
- Ajuterique ( 5,354 )
- San Marcos ( 5,346 )
- Florida ( 5,340 )
- La Esperanza ( 5,318 )
- Cuyamel ( 5,022 )
- San Antonio de Cortés ( 4,955 )
- Puerto Lempira ( 4,856 )
- Omoa ( 4,763 )
- Corquín ( 4,752 )
- La Libertad ( 4,673 )
- Taulabé ( 4,660 )
- Valle de Ángeles ( 4,649 )
- Santa María del Real ( 4,587 )